Am nächsten Morgen erfolgt der Ausguss der Probe in flüssiges, 56° warmes Paraffin.
Nach Erkalten der Paraffinblöcke, werden am Mikrotom hauchdünne 2-4 µm Schnitte angefertigt und durch ein warmes Wasserbad faltenfrei auf einen Glasobjektträger gezogen.
Zur mikroskopischen Beurteilung der Zellen und Gewebestrukturen werden die Schnitte mit entsprechenden Farbstoffen angefärbt und luftdicht versiegelt.
Abschließend erfolgt die Weitergabe der gefärbten Schnittpräparate mit dem entsprechenden Untersuchungsantrag an die Fachärzte.